Bei Bio-Eiern gibt es besondere Bestimmungen für die Geflügelhaltung und Fütterung. Diese sind in der EU-Öko-Verordnung niedergeschrieben. So dürfen die Hennen etwa nicht in Käfigen gehalten werden und müssen mindestens vier Quadratmeter Auslauffläche zur Verfügung haben, wie es beim Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft heißt. Grundlage hierfür ist die EU-Öko-Verordnung. Maximal 3000 Legehennen dürfen in einem Geflügelstall leben, wenn es sich um Bio-Eier handelt.
Pro Quadratmeter Stallfläche dürfen sechs Hennen gehalten werden. Außerdem muss das Geflügel ständig Zugang zu Freigelände haben, wenn das Wetter es zulässt und keine anderen Gründe wie die Vogelgrippe dagegen sprechen.
Zwar darf natürliches Licht mit künstlicher Beleuchtung ergänzt werden - allerdings müssen Halter eine ununterbrochene Nachtruhe ohne künstliche Beleuchtung von mindestens acht Stunden gewährleisten. Biohühner müssen mit ökologischen Futtermitteln gefüttert werden. Diese sollten so weit wie möglich aus eigener Erzeugung stammen. Eier aus ökologischem Anbau sind mit einer 0 gekennzeichnet. Nur wer die Vorschriften erfüllt, darf Eier mit der Bezeichnung «Bio» oder «Öko» verkaufen.